Ngày  01/9/2016, Đại học Huế đã ban hành quy định mức thu học phí, miễn giảm học phí và thanh toán nội bộ trong Đại học Huế từ năm học 2016 – 2017 đến năm học 2020 – 2021. Theo đó, Đại học Huế giảm 50% học phí cho sinh viên nhập học năm 1 có hộ khẩu thường trú và sinh sống tại các xã bãi ngang ven biển của các tỉnh Hà Tĩnh, Quảng Bình, Quảng Trị, Thừa Thiên Huế (đối tượng bị ảnh hưởng của sự cố ô nhiễm môi trường Formosa, chỉ tính cho năm học 2016 – 2017).

Cũng theo Quy định này, Đại học Huế miễn học phí cho các sinh viên, học viên có hộ khẩu thường trú và sinh sống tại tỉnh Ninh Thuận (Chương III, Điều 10), bắt đầu từ năm học 2016 – 2017 và dự kiến đến năm học 2020 - 2021.  

Tổng mức học phí được miễn giảm cho hai khoản này được ước tính khoảng 1,1 đến 1,3 tỉ đồng.